La dirección de Acuerdos de la Verdad del CNMH es la responsable de diseñar y aplicar el mecanismo no judicial de contribución a la verdad llamado Acuerdos de Contribución a la Verdad Histórica y la Reparación, aplicable a las personas que de manera individual o colectiva se desmovilizaron de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC) y que en razón de su participación y permanencia en el grupo paramilitar no hubieran cometido crímenes graves.

Entre las funciones de la dirección de Acuerdos de la Verdad se contemplan las de:
• Recolectar, clasificar, sistematizar, analizar y preservar la información que surja de los Acuerdos de Contribución a la Verdad Histórica y la Reparación de que trata la Ley 1424 de 2010.
• Producir informes que contribuyan al esclarecimiento del fenómeno paramilitar en Colombia. A estas funciones se suman las demás contenidas en el artículo 14 del decreto 4803 de 2011